Sau khi Pakal mất, con trưởng là K'inich Kan B'alam II kế vị. K'inich Kan B'alam II mất thì ngôi vị truyền lại cho em là K'inich K'an Joy Chitam II. Sau khi qua đời, Pakal được triều đình phong thần và theo tín ngưỡng cho là ông có thể giao tiếp với con cháu mình; vị vua đáng kính được chôn cất trong ngôi Đền của những câu khắc. Mặc dù Palenque đã được giới khảo cổ khảo sát từ trước đây, bí mật chỉ bắt đầu hé mở ngay từ ngôi mộ của ông vốn được đóng chặt bằng một phiến đá mỏng với các nút đá bịt lỗ, mà giới khảo cổ không để ý đến cho đến khi được phát hiện bởi nhà khảo cổ học México Alberto Ruz Lhuillier vào năm 1948. Phải mất bốn năm để xóa các đống đổ nát từ cầu thang dẫn xuống ngôi mộ của Pakal, nhưng cuối cùng nó đã được phát hiện vào năm 1952. Bộ xương của ông vẫn còn nằm trong quan tài, đeo cái mặt nạ ngọc và chuỗi hạt vòng cổ, bao quanh bởi các tác phẩm điêu khắc và phù điêu bằng vữa miêu tả quá trình chuyển đổi của người cai trị tới thần linh và các nhân vật từ thần thoại Maya. Dấu vết của chất nhuộm cho thấy rằng chúng được phủ một lớp sơn đầy màu sắc, khá phổ biến trong nhiều tác phẩm điêu khắc Maya vào thời điểm đó.[18]

Cho dù những mảnh xương trong ngôi mộ thực sự là của Pakal vẫn còn gây nhiều tranh cãi bởi vì phân tích quá trình mài mòn trên răng của bộ xương đã đặt tuổi tác của chủ sở hữu sau khi chết là 40 tuổi trẻ hơn so với độ tuổi khi qua đời của Pakal. Các nhà tạo tác nhấn mạnh rằng những dòng chữ khắc trên mộ chỉ ra rằng nó thực sự là K'inich Janaab 'Pakal được chôn vùi bên trong, và rằng ông đã qua đời ở tuổi 80 sau khi trị vì được khoảng 70 năm. Một số cuộc tranh cãi về những nét chạm khắc có nhắc đến hai người có cùng tên gọi hoặc một phương pháp bất thường cho việc ghi chép niên đại đã được sử dụng, nhưng các chuyên gia khác trong lĩnh vực này nói rằng việc cho phép đối với khả năng như vậy sẽ đi ngược lại tất cả mọi thứ khác biết được về lịch Maya và tài liệu ghi chép các sự kiện. Lời giải thích phổ biến nhất được chấp nhận cho các bất thường là Pakal, vốn là một nhà quý tộc nên thường dùng những loại thực phẩm mềm mại và ít mài mòn hơn người bình thường do vậy hàm răng của ông tự nhiên sẽ ít bị mài mòn. Bất chấp những tranh cãi, nó vẫn là một trong những nhất phát hiện ngoạn mục của ngành khảo cổ Maya. Một bản sao ngôi mộ của ông được tìm thấy tại Bảo tàng Quốc gia Nhân chủng học và Lịch sử ở Thành phố México.